Работа в комплексе строится по четырем основным направлениям:

В объединениях биолого-экологического направления УВБК таких, как клуб "Эколог", "Террариум", "Аквариумное рыбоводство", воспитанники не только получают фундаментальные знания по биологии и экологии, но и имеют возможность ухаживать за животными, проводить различные наблюдения и эксперименты. Особое место в работе клуба "Эколог" занимают полевые практики и экологические экспедиции. Ребята имеют реальную возможность закрепить полученные на теоретический занятиях знания в природе. Для старшеклассников организована подготовка по химии и биологии для поступления в профильные высшие учебные заведения.

Научно-исследовательское направление

Тесно связано с биолого-экологическим направлением, но здесь акцент делается не на образовательную, а на научно-исследовательскую, практическую работу, которая проводится совместно с Зоологическим музеем МГУ, Московским Государственным педагогическим университетом, GreenPeace России, Институтом морфологии и экологии животных, некоторыми государственными заповедниками России. В рамках этого направления воспитанники работают над коллективными и индивидуальными темами, как в лабораториях УВБК, так и в природе, выезжая в экспедиции во время школьных каникул.

Биолого-прикладное направление

В рамках биолого-прикладного направления работают такие объединения, как "Биодизайн", "Природа и фантазия", "Паутинка", Виола" (художественная обработка природных материалов) и другие. Здесь воспитанники, на основе знаний о различных природных материалах, учатся создавать из них композиции, использующиеся потом для оформления не только интерьеров ДЮЦД, но и различных организаций г. Москвы и Московской области.

Учащимися объединения "Биодизайн" проводится ежегодная выставка "Аранжировка цветов", причем, оформление интерьеров выставки, проведение экскурсий, консультации по составлению букетов - дело рук воспитанников.

Межшкольный биолого-экологический центр

Предполагает тесное сотрудничество с образовательными учреждениями Северного округа. В рамках программы этого блока проводится методическая работа с образовательными учреждениями, а так же организованы циклы лекций, семинаров, лабораторных практикумов, тематических экскурсий для учащихся школ в биологические музеи, природу и на выставки УВБК. Для проведения организованных экскурсий работает выставочно-лабораторный комплекс "АКВАТЭК", который с учебными и познавательными целями ежегодно посещает около 2,5 тысяч учащихся, проводятся массовые мероприятия для городских лагерей. В рамках работы научно-прикладного блока проводится Окружная командная биолого-экологическая олимпиада, причем содержание этапов и порядок проведения олимпиады разрабатывают воспитанники УВБК.